Empyrion handlar om att bygga och överleva i en fientlig miljö. Du kan konstruera allt från block och göra delar precis som vi ser i Minecraft: små rymdskepp, stora rymdskepp, planet- och rymdstationer, samt infrastrukturer som solpaneler och gruvrobotar.

Ditt moderskip (ett självhämtat rymdskepp för mobila hemmabaser) kan flyga från planet till planet (och varpa mellan de ännu inte införda solsystemen). För att komma åt och utforska en planet måste du bygga ett eller flera små rymdskepp som kan tränga in i jordens omlopp och landa på dess yta. Utrusta ditt rymdskepp och moderskip med defensiva vapen för att skydda dig mot NPC-fiender och andra spelare.
Du måste samla in och bryta resurser för byggande och konstruktion. Sådana resurser finns på planeter och asteroider. Flera planettyper som is-, öken-, karg-, lava-, tempererade, oceaniska och gasplaneter finns på Empyrion. Var och en av dessa planeter är olika och har sina unika egenskaper och möjligen skoningslösa förhållanden. För att hålla dig vid liv måste du anpassa dig till en planetens begränsade miljö. I det inledande skedet kommer du att mötas av ett okartat universum och den enda informationen till ditt förfogande handlar om planeterna, deras resurser och (sannolikt farliga) livsformer. Innan din första planetlandning vet du aldrig vad som väntar dig - var beredd på någon överraskning.

Jakten på ett paradis är lika gammal som mänskligheten själv. Paradisiska föreställningar är många och tvärkulturella. Till exempel, i gamla egyptiska övertygelser, är den andra världen Aaru, vassfälten för idealiska fiske- och jaktmarker där de avlidne bodde efter dom. Empyrion var en plats i den högsta himlen bortom himmelen i forntida kosmologier. Det ockuperades av himmelska enheter som var gjorda av rent ljus och trodde vara källan till skapelsen. Begreppet paradis har dock alltid varit en legend, och inom den närmaste framtiden kommer jorden att vara långt ifrån att vara en paradisisk bostad.

Världens befolkning hade ökat till över 18 miljarder i slutet av 24-talet och tömt de flesta av planetens resurser. Landningsklimat har orsakat hårt väder som grymma orkaner med omfattande förödelse. Den globala uppvärmningen har också minskat större delen av polarisen och orsakat en havsnivåhöjning med över 30 meter som sänker ned lågtliggende planetariska områden och översvämmer kuststäder.
Ökningen av de resulterande förändringarna hade lett till politisk instabilitet, ett krig om resurser, upplopp, plundring, massutrotning av många arter, hundratals miljoner flyktingar, allvarliga torka, hungersnöd och en kollaps av ekosystemet. "United Council of Humanity" (UCH) hävdade att mänskligheten inte har upp till 100 år innan den industriella civilisationen går helt ihop.

År 2402 hittade en grupp forskare ett rymdskeppsvrak i Antarktis, gömt hittills under ett tjockt isskydd. Fartyget tillhör tydligen en mycket avancerad främmande ras och drivs tekniskt av en okänd form av energi. En stjärnkarta med forntida symboler återhämtades också. Snart fick forskarna reda på att stjärnkartasymbolerna liknade de tecken som används i forntida kosmologier för att illustrera "Empyrion" - rikets land.
Forskare använde två decennier för att förstå de främmande energicellernas funktioner och dekryptera kartan. Krypteringen var dock delvis framgångsrik och de erhållna koordinaterna förblev tvetydiga. Stjärnkartan verkade peka på en plats som ligger cirka 2,5 miljoner ljusår långt borta i Andromedagalaxen.

Med tanke på den försämrade situationen på jorden beslutade UCH att investera de återstående jordens resurser i ett gemensamt försök att bygga en flotta med rymdskepp. Detta initiativ syftade till att skapa kontakt med de konstiga utomjordingarna och hitta Empyrion. Hoppet att rädda jorden från Apocalypse styrde försöket, som heter "Operation Phoenix." Alla fartyg förbereddes med en annan energicell för att driva deras experimentella hyperdriv - en ny teknik. Konstruktionen och förberedelsen av flottan tog över 50 år. Deltagarna valdes i ung ålder, baserat på att visa överlägsen genetik, såväl som anmärkningsvärda kognitiva och fysiska attribut. De hade också adekvat stridsträning och omfattande tekniska färdigheter.

Slutligen, 2473, är flottan med rymdskepp tillgänglig, och du är den första befälhavaren för "MS Titan" seglingskrigskepp. När flottan går ut på sitt uppdrag att hitta Empyrion, har mänskligheten förenats för att gå till evenemanget. När hyperdrivningen är aktiverad går något hemskt och en okänd makt tar kontroll över ditt skepp.