Bei Empyrion geht es darum, in einer feindlichen Umgebung zu bauen und zu überleben. Sie können alles aus Blöcken bauen und Teile herstellen, wie es in Minecraft zu sehen ist: kleine Raumschiffe, große Raumschiffe, Planeten- und Raumstationen sowie Infrastrukturen wie Sonnenkollektoren und Bergbauroboter.

Ihr Mutterschiff (ein selbst erstelltes Raumschiff auf Mobilheimbasis) kann von Planet zu Planet fliegen (und sich zwischen den noch nicht eingeführten Multi-Solar-Systemen verziehen). Um auf einen Planeten zuzugreifen und ihn zu erkunden, müssen Sie ein oder mehrere kleine Raumschiffe bauen, die die Erdumlaufbahn durchdringen und auf ihrer Oberfläche landen können. Rüste deine Raumschiffe und dein Mutterschiff mit Verteidigungswaffen aus, um dich vor den NPC-Feinden und anderen Spielern zu schützen.
Sie müssen Ressourcen für das Bauen und Bauen sammeln und abbauen. Solche Ressourcen würden auf Planeten und Asteroiden gefunden werden. Empyrion bietet verschiedene Planetentypen wie Eis-, Wüsten-, Ödland-, Lava-, gemäßigte, ozeanische und Gasplaneten. Jeder dieser Planeten ist anders und hat seine einzigartigen Eigenschaften und möglicherweise gnadenlosen Bedingungen. Um am Leben zu bleiben, muss man sich an die restriktive Umgebung eines Planeten anpassen. In der Anfangsphase werden Sie mit einem unbekannten Universum konfrontiert und die einzigen Informationen, die Ihnen zur Verfügung stehen, sind die Planeten, ihre Ressourcen und (wahrscheinlich gefährliche) Lebensformen. Vor Ihrer ersten Landung auf dem Planeten werden Sie nie wissen, was Sie erwartet - seien Sie auf jede Überraschung vorbereitet.

Die Suche nach einem Paradies ist so alt wie die Menschheit. Paradisische Vorstellungen sind zahlreich und interkulturell. Zum Beispiel ist nach altägyptischem Glauben die andere Welt Aaru, die Schilffelder idealer Fischerei- und Jagdgebiete, in denen die Verstorbenen nach dem Gericht lebten. Empyrion war in alten Kosmologien ein Ort im höchsten Himmel jenseits des Firmaments. Es wurde von himmlischen Wesenheiten besetzt, die aus reinem Licht bestanden und als Quelle der Schöpfung galten. Das Konzept des Paradieses war jedoch schon immer eine Legende, und in naher Zukunft wird die Erde weit davon entfernt sein, ein paradiesischer Aufenthaltsort zu sein.

Die Weltbevölkerung war bis zum Ende des 24. Jahrhunderts auf über 18 Milliarden angewachsen, wodurch die meisten Ressourcen des Planeten aufgebraucht wurden. Das Landebahnklima hat Unwetter wie wilde Hurrikane mit weit verbreiteten Verwüstungen verursacht. Die globale Erwärmung hat auch den größten Teil des Polareises reduziert und einen Anstieg des Meeresspiegels um mehr als 30 Meter verursacht, der tief liegende Planetengebiete versenkt und Küstenstädte überflutet.
Die sich daraus ergebenden Veränderungen hatten zu politischer Instabilität, einem Krieg um Ressourcen, Unruhen, Plünderungen, Massensterben vieler Arten, Hunderten Millionen Flüchtlingen, schweren Dürren, Hungersnöten und einem Zusammenbruch des Ökosystems geführt. Der "United Council of Humanity" (UCH) behauptete, dass die Menschheit nicht bis zu 100 Jahre Zeit habe, bevor die industrielle Zivilisation vollständig zusammenbricht.

Im Jahr 2402 fand eine Gruppe von Forschern ein Wrack eines Raumschiffs in der Antarktis, das bis heute unter einer klobigen Eisdecke versteckt war. Das Schiff gehörte offenbar zu einer hoch entwickelten Alien-Rasse und wurde technologisch von einer unbekannten Energieform angetrieben. Eine Sternenkarte mit alten Symbolen wurde ebenfalls geborgen. Bald fanden die Wissenschaftler heraus, dass die Sternenkartensymbole den Zeichen ähnelten, die in alten Kosmologien verwendet wurden, um "Empyrion" - das Land der Fülle - zu veranschaulichen.
Die Forscher nutzten zwei Jahrzehnte, um die Funktionen der außerirdischen Energiezellen zu verstehen und die Karte zu entschlüsseln. Die Entschlüsselung war jedoch teilweise erfolgreich, und die erhaltenen Koordinaten blieben mehrdeutig. Die Sternenkarte schien auf einen Ort in der Andromeda-Galaxie zu verweisen, der etwa 2,5 Millionen Lichtjahre entfernt ist.

Angesichts der sich verschlechternden Situation auf der Erde beschloss die UCH, die verbleibenden Ressourcen der Erde in gemeinsame Anstrengungen zum Aufbau einer Flotte von Raumschiffen zu investieren. Diese Initiative zielte darauf ab, Kontakt mit den fremden Außerirdischen aufzunehmen und Empyrion zu finden. Die Hoffnung, die Erde vor der Apokalypse zu retten, leitete den Versuch mit dem Namen "Operation Phoenix". Alle Schiffe wurden mit einer anderen Energiezelle vorbereitet, um ihre experimentellen Hyperantriebe zu befeuern - eine neuartige Technologie. Der Bau und die Vorbereitung der Flotte dauerten über 50 Jahre. Die Teilnehmer wurden in jungen Jahren ausgewählt, basierend auf einer überlegenen Genetik sowie bemerkenswerten kognitiven und physischen Eigenschaften. Sie hatten auch ein angemessenes Kampftraining und umfangreiche technische Fähigkeiten.

Schließlich ist 2473 die Flotte von Raumschiffen verfügbar, und Sie sind der erste Kommandeur des Segelkriegsschiffs "MS Titan". Als die Flotte von Bord geht, um Empyrion zu finden, hat sich die Menschheit zusammengeschlossen, um an dem Ereignis teilzunehmen. Nachdem der Hyperantrieb aktiviert wurde, wird etwas schrecklich und eine unbekannte Kraft übernimmt die Kontrolle über Ihr Schiff.