Empyrion se trata de construir y sobrevivir en un entorno hostil. Puedes construir de todo, desde bloques y hacer piezas como se ve en Minecraft: pequeñas naves espaciales, grandes naves espaciales, estaciones planetarias y espaciales, así como infraestructuras como paneles solares y robots de minería.

Su nave nodriza (una nave estelar de creación propia con base de casas móviles) puede volar de planeta en planeta (y distorsionarse entre los sistemas multisolares que aún no se han introducido). Acceder y explorar un planeta requiere que construyas una o varias naves espaciales pequeñas que puedan penetrar la órbita terrestre y aterrizar en su superficie. Equipa tus naves espaciales y tu nave nodriza con armas defensivas para protegerte contra los NPC enemigos y otros jugadores.
Debes reunir y extraer recursos para la edificación y la construcción. Dichos recursos se encontrarían en planetas y asteroides. En Empyrion se incluyen varios tipos de planetas, como planetas de hielo, desiertos, áridos, de lava, templados, oceánicos y gaseosos. Cada uno de estos planetas es diferente y tiene sus características únicas y posiblemente condiciones despiadadas. Para mantenerse con vida, debe adaptarse al entorno restrictivo de un planeta. En la etapa inicial, se enfrentará a un universo inexplorado y la única información a su disposición es sobre los planetas, sus recursos y las formas de vida (probablemente peligrosas). Antes de su primer aterrizaje planetario, nunca sabrá lo que le espera, esté preparado para cualquier sorpresa.

La búsqueda de un paraíso es tan antigua como la humanidad misma. Las nociones paradisíacas son abundantes y transculturales. Por ejemplo, en las antiguas creencias egipcias, el otro mundo es Aaru, los campos de juncos ideales para la pesca y la caza donde vivían los difuntos después del juicio. Empyrion era un lugar en el cielo más alto más allá del firmamento en cosmologías antiguas. Estaba ocupado por entidades celestiales que estaban hechas de luz pura y se creía que eran la fuente de la creación. Sin embargo, el concepto de paraíso siempre ha sido una leyenda, y en un futuro cercano, la Tierra estará lejos de ser una morada paradisíaca.

La población mundial había aumentado a más de 18 mil millones a fines del siglo XXIV, lo que agotó la mayor parte de los recursos del planeta. El clima de la pista ha provocado un clima severo como huracanes feroces con devastación generalizada. El calentamiento global también ha reducido la mayor parte del hielo polar e indujo un aumento del nivel del mar de más de 30 metros, sumergiendo áreas planetarias bajas e inundando ciudades costeras.
La oleada de cambios resultantes había provocado inestabilidad política, una guerra por los recursos, disturbios, saqueos, extinciones masivas de muchas especies, cientos de millones de refugiados, sequías severas, hambrunas y el colapso del ecosistema. El "Consejo Unido de la Humanidad" (UCH), afirmó que la raza humana no tiene hasta 100 años antes de que la civilización industrial se derrumbe por completo.

En el año 2402, un grupo de investigadores encontró el naufragio de una nave espacial en la Antártida, escondido hasta la fecha bajo una gruesa capa de hielo. La nave aparentemente pertenecía a una raza alienígena muy avanzada y estaba impulsada tecnológicamente por una forma desconocida de energía. También se recuperó un mapa estelar con símbolos antiguos. Pronto, los científicos descubrieron que los símbolos del mapa estelar eran similares a los signos utilizados en cosmologías antiguas para ilustrar "Empyrion", la tierra de la abundancia.
Los investigadores utilizaron dos décadas para comprender las funciones de las células de energía extraterrestre y descifrar el mapa. Sin embargo, el descifrado fue parcialmente exitoso y las coordenadas obtenidas siguieron siendo ambiguas. El mapa estelar parecía apuntar a un lugar que se encuentra a unos 2,5 millones de años luz de distancia en la galaxia de Andrómeda.

Dado el empeoramiento de la situación en la Tierra, la UCH decidió invertir los recursos restantes de la Tierra en un esfuerzo conjunto para construir una flota de naves estelares. Esta iniciativa tenía como objetivo establecer contacto con los extraños extraterrestres y encontrar a Empyrion. La esperanza de rescatar la Tierra del Apocalipsis guió el intento, llamado "Operación Fénix". Todos los barcos fueron preparados con una celda de energía diferente para alimentar sus hiperimpulsores experimentales, una tecnología novedosa. La construcción y preparación de la flota tomó más de 50 años. Los participantes fueron seleccionados a una edad temprana, basándose en mostrar una genética superior, así como notables atributos cognitivos y físicos. También tenían un entrenamiento de combate adecuado y amplias habilidades de ingeniería.

Finalmente, en 2473, la flota de naves espaciales está disponible y tú eres el primer comandante del buque de guerra "MS Titan". Cuando la flota desembarca en su misión de encontrar Empyrion, la humanidad se ha unido para ir al evento. Después de que se activa el hiperimpulsor, algo sale mal y un poder desconocido toma el control de su nave.