Empyrion tem tudo a ver com construir e sobreviver num ambiente hostil. Você pode construir tudo a partir de blocos e fazer peças como visto em Minecraft: pequenas naves espaciais, grandes naves estelares, estações planetárias e espaciais, bem como infraestruturas como painéis solares e robôs mineiros.

A sua nave-mãe (uma nave espacial auto-criada) pode voar de planeta em planeta (e deformar entre os sistemas multi-solares ainda por introduzir). Aceder e explorar um planeta requer que você construa uma ou várias pequenas naves espaciais que possam penetrar a órbita da Terra e pousar na sua superfície. Equipar as suas naves espaciais e nave-mãe com armas defensivas para protegê-lo contra os inimigos da NPC e outros jogadores.
Tens de reunir e minar recursos para a construção e construção. Tais recursos seriam encontrados em planetas e asteroides. Vários planetas como o gelo, o deserto, o estéril, a lava, o temperado, oceânico e os planetas gasosos estão em destaque em Empyrion. Cada um destes planetas é diferente e tem as suas características únicas e possivelmente condições impiedosas. Para se manter vivo, tem que se adaptar ao ambiente restritivo de um planeta. Na fase inicial, você será confrontado com um universo desconhecido e a única informação à sua disposição é sobre os planetas, os seus recursos e (provavelmente perigosos) formas de vida. Antes da sua primeira aterragem no planeta, nunca saberá o que o espera - esteja preparado para qualquer surpresa.

A busca por um paraíso é tão antiga como a própria humanidade. As noções paradisíacas são muitas e transculturais. Por exemplo, nas antigas crenças egípcias, o outro mundo é Aaru, os campos de cana de locais de pesca e caça ideais onde os falecidos viviam após o julgamento. Empyrion era um lugar no céu mais alto além do firmamento em cosmologias antigas. Foi ocupada por entidades celestiais que eram feitas de luz pura e que se acreditava serem a fonte da criação. No entanto, o conceito de paraíso sempre foi uma lenda, e num futuro próximo, a Terra estará longe de ser uma morada paradisíaca.

A população mundial tinha aumentado para mais de 18 mil milhões até ao final do século XXIV, drenando a maior parte dos recursos do planeta. O clima das pistas provocou mau tempo como furacões ferozes com devastação generalizada. O aquecimento global também reduziu a maior parte do gelo polar e induziu uma subida do nível do mar em mais de 30 metros submergindo áreas planetárias de baixa altitude e inundando cidades costeiras.
A onda de mudanças resultantes levou à instabilidade política, a uma guerra contra recursos, motins, saques, extinções em massa de muitas espécies, centenas de milhões de refugiados, secas severas, fome e colapso do ecossistema. O "United Council of Humanity" (UCH), afirmou que a raça humana não tem até 100 anos antes que a civilização industrial se desabre totalmente.

No ano de 2402, um grupo de investigadores encontrou um naufrágio de uma nave estelar na Antártida, escondido até à data sob uma espessa cobertura de gelo. A nave aparentemente pertencia a uma raça alienígena altamente avançada e era tecnologicamente alimentada por uma forma de energia desconhecida. Um mapa estelar com símbolos antigos também foi recuperado. Em breve, os cientistas descobriram que os símbolos do mapa estelar eram semelhantes aos sinais usados nas cosmologias antigas para ilustrar "Empyrion" – a terra da abundância.
Os investigadores usaram duas décadas para compreender as funções das células de energia alienígenas e desencriptar o mapa. A desencriptação foi, no entanto, parcialmente bem sucedida, e as coordenadas obtidas permaneceram ambíguas. O mapa estelar parecia apontar para um lugar que está a cerca de 2,5 milhões de anos-luz de distância na Galáxia de Andromeda.

Dado o agravamento da situação na Terra, a UCH decidiu investir os recursos restantes da Terra num esforço conjunto para construir uma frota de naves estelares. Esta iniciativa visava estabelecer contacto com os estranhos alienígenas e encontrar a Empyrion. A esperança de resgatar a Terra do Apocalipse guiou a tentativa, chamada "Operação Phoenix". Todas as naves foram preparadas com uma célula de energia diferente para alimentar os seus hiperdrives experimentais – uma nova tecnologia. A construção e preparação da frota demorou mais de 50 anos. Os participantes foram selecionados em tenra idade, com base na exibição de genética superior, bem como em notáveis atributos cognitivos e físicos. Tinham também formação de combate adequada e extensas capacidades de engenharia.

Finalmente, em 2473, a frota de naves estelares está disponível, e você é o primeiro comandante do navio de guerra "MS Titan". Quando a frota desembarca na sua missão de encontrar Empyrion, a humanidade uniu-se para ir para o evento. Depois do hiperdrive ser ativado, algo fica horrível, e uma energia desconhecida toma o controlo da sua nave.